La CENI a été créée par la loi N° 2000-007 du 05 avril 2000, remplacée ensuite par la loi 2012-002 du 29 mai 2012 portant code électoral, modifiée par la loi N° 2013-004 du 19 février 2013 et la loi N° 2013-008 du 22 mars 2013. Elle est chargée d’organiser et de superviser les consultations électorales et référendaires (Article 3). Son fonctionnement est régi par les dispositions de son Règlement intérieur.
C’est en 2007, à l’occasion des élections législatives du 14 octobre 2007, que pour la première fois, la CENI a organisé et supervisé un processus électoral.
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En 2010, la CENI a été mise en place et a organisé l’élection présidentielle.
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En 2013, la CENI a été mise en place et a organisé les élections législatives.